论文摘要:
目的 通过测序及分析马尔尼菲篮状菌(Talaromyces marneffei, Tm)基因组,初步了解Tm致病性相关基因和抗真菌药物靶点相关基因。
方法 (1)采用二代(Illumina MiSeq)和三代(PacBio RS)测序平台联合测序Tm全基因组。(2)从全基因组水平上分析Tm的系统发育。(3)通过生物信息学方法预测Tm编码和非编码基因,注释PKS/NRPS、分泌蛋白及抗真菌药物靶点相关基因。(4)将注释到的PKS/NRPS和分泌蛋白基因与NCBI检索到的25℃和37℃表达的RNAseq转录组数据集进行匹配,得到25℃和37℃生长条件下显著高表达的PKS/NRPS和分泌蛋白。
结果 (1)Tm全基因组包含8条染色体,全长序列为28.3Mb,总共预测到9907个编码基因和392个非编码基因。(3)Tm基因组中总共注释到25个PKS/NRPS、514个分泌蛋白。(4)在25℃和37℃生长条件下,分别有9个和1个PKS、99个和87个分泌蛋白显著高表达。(5)总共注释到32个基因参与合成麦角固醇和1个基因参与合成葡聚糖。
结论 (1)温度依赖性表达的PKS/NRPS、分泌蛋白与Tm的致病性密切相关,可能是重要毒力因子。(2)通过测序分析,为将来研究Tm的致病性和药物敏感性提供分子基础。